Fatih Sultan Mehmet'in resmi kayıtlara göre 3 Mayıs 1481 tarihinde gut hastalığından vefat ettiği yazılı olsa da, bazı tarihçiler zehirlenme ihtimalini de öne sürüyor.
Fatih'in kronik bir gut hastalığı olduğu biliniyordu. Gebze'ye çıktığı son sefer sırasında gut hastalığı nüksetmiş ve şiddetli ağrılar çekmeye başladı. O dönem tutulan yerli ve yabancı belgelerde ölüm sebebi gut hastalığı olarak kaydedilmiştir.
Ancak Alman tarihçi Franz Babinger, Fatih'in zehirlendiğine dair yabancı arşivlerde bulduğu bazı belgeleri öne sürmektedir. Bu belgelere göre Fatih'e 12-15 suikast girişimi düzenlendiği ve son girişimde bitkisel bir ilaçla zehirlendiği iddia edilmektedir.
Zehirlenme iddiası Türk tarihçiler arasında da tartışmalara yol açmıştır. Bazı tarihçiler bu iddiayı kabul edilemez bulurken, bazı tarihçiler de göz ardı edilemeyeceğini savunmaktadır. Fatih'in mezarının açılarak inceleme yapılması teklifi 1964 yılında gündeme gelmiş, ancak reddedilmiştir.
Fatih Sultan Mehmet'in ölümüne dair kesin bir şey söylemek zordur. Gut hastalığından öldüğü genel kabul görse de, zehirlenme ihtimali de tamamen ortadan kalkmamıştır.
Kesin bir sonuca varabilmek için daha fazla araştırmaya ve delile ihtiyaç vardır.
Fatih Sultan Mehmet'in cenazesi Gebze'den İstanbul'a getirildikten sonra 19 gün Topkapı Sarayı'nda bekletilmiştir.
Bu süre zarfında şehzadeler taht kavgasına girmiştir.
Fatih'in ölümünden 19 gün sonra oğlu Bayezid tahta çıkmış ve babasının cenazesini Fatih Camii'nin avlusuna defnetmiştir.
